La estructura administrativa de la CCCM está encabezada por una Comisión Administradora, con carácter honorario, integrada por:
La Alta Dirección de la CCCM está integrada por uno de los Delegados del MSP a la Comisión Administradora, el Director Técnico, el Subdirector Técnico, el Gerente de Calidad y el Administrador General.
La Dirección Técnica es designada por el MSP y depende técnicamente de éste, es responsable de todos los aspectos técnicos del Laboratorio. La Dirección Técnica y Subdirección Técnica son ejercidas respectivamente por el Jefe del Sector Evaluación y el Director del Departamento de Medicamentos del Ministerio de Salud Pública.
Q.F. Karina Cuadra
Directora Técnica
Q.F. Isabel Slepak
Subdirectora Técnica
Cra. Stella Viglielm
Administrador General
Q.F. Mónica Hirschhorn
Gerente de Calidad
La CCCM está integrada por 31 funcionarios distribuidos en los dos Sectores Operativos: Química y Microbiología y las Unidades: Gerencia de Calidad, Muestreo, Administración, Seguridad e IT (Tecnología de la Información).
Q.F. Adriana Larrañaga
Jefa del Sector Química
Q.F. Mauricia Corona
Jefa del Sector Microbiología